更新:2026-08-08 16:40

89株黏细菌糖代谢能力平台 · Step3+共线性+ML最终版

最终流程:Step1/2/3 注释 → 共线性 ABCD 分级 → B/C/D 蛋白 3Di-ML 验证。判定口径:A 级直接支持;B/C/D 中 ML_positive 与 borderline 均计为支持,ML_negative 不计支持,no_model 单独保留。

581
最终支持蛋白 / 605
19
高能力菌株(6–9模块)
55
中等能力菌株(3–5模块)
12
低能力菌株(1–2模块)
3
未检出最终支持模块
12+12
ML不支持 + no_model 蛋白

9个糖代谢模块在89株中的最终分布

clustermodule_cnstrains_ML_verifiedstrains_totalML_verified_percent
C_FruTag_fusion果糖/Tagatose PTS 融合模块808989.8876404494382
A_GlcNag_fusion葡萄糖/氨基糖 PTS 融合模块788987.64044943820225
B_ManSor甘露糖/山梨糖 PTS 模块658973.03370786516854
G_TreMal_ABC海藻糖/麦芽糖 ABC 模块608967.41573033707866
E_TreS_Mak_GlgE海藻糖-麦芽糖/GlgE 模块428947.19101123595505
I_Gal_Xyloside_ABC半乳糖/木糖苷 ABC 模块168917.97752808988764
H_Xylulose_Polyol_ABC木酮糖/多元醇 ABC 模块168917.97752808988764
F_Arabinose_ABC阿拉伯糖 ABC 模块158916.853932584269664
D_Xylose木糖模块118912.359550561797752

糖代谢能力最强菌株

strainML_verified_modulesmodules_with_strong_clinkercapacity_tier
CC21.all99high_6_9
Cbm699high_6_9
Cy1.all99high_6_9
Cy9.all98high_6_9
DSM226299high_6_9
DSM5265599high_6_9
A1588high_6_9
A888high_6_9
AC1988high_6_9
NCWAL0188high_6_9
ATCC2903777high_6_9
D1P277high_6_9
DW43-177high_6_9
H1.all75high_6_9
S1.all77high_6_9
5N47864high_6_9
ContRs11664high_6_9
GDMCC1312464high_6_9
H31665high_6_9
17bor1454medium_3_5

糖代谢能力最低菌株

strainML_verified_modulesmodules_with_strong_clinkercapacity_tier
AH0300none
HKSTASMYXO2400none
HyVt46300none
Afasciculatus11low_1_2
SMAGU1075110low_1_2
SMAGU1337311low_1_2
SMAGU1365410low_1_2
ACEMYX1020low_1_2
CCM760921low_1_2
CCUG5194321low_1_2
JCM1513621low_1_2
SMAGU1043820low_1_2
Sora8320low_1_2
TGSMYX320low_1_2
clean13820low_1_2

89株 × 9模块最终矩阵

strainA_GlcNag_fusionB_ManSorC_FruTag_fusionD_XyloseE_TreS_Mak_GlgEF_Arabinose_ABCG_TreMal_ABCH_Xylulose_Polyol_ABCI_Gal_Xyloside_ABC
07C✓✓✓
14696✓✓✓✓
15dZY3bin51✓✓✓
17bor14✓✓✓✓✓
2CP1✓✓✓✓
341R✓✓✓
3LFB2✓✓✓✓✓
5N478✓✓✓✓✓✓
5N486✓✓✓
A15✓✓✓✓✓✓✓✓
A8✓✓✓✓✓✓✓✓
AB016✓✓✓✓
AB023✓✓✓✓✓
AC19✓✓✓✓✓✓✓✓
ACEMYX10✓✓
AH03
AM005✓✓✓✓✓
AMRMDS5650✓✓✓
ATCC29037✓✓✓✓✓✓✓
Afasciculatus✓
Ag1.all✓✓✓✓✓
Ag2✓✓✓✓✓
BDFP2✓✓✓✓
C2bin32✓✓✓✓
CA032A✓✓✓✓✓
CC10✓✓✓✓✓
CC21.all✓✓✓✓✓✓✓✓✓
CC8✓✓✓✓✓
CCM7609✓✓
CCUG51943✓✓
Cbm6✓✓✓✓✓✓✓✓✓
Cmc5✓✓✓
ContRs116✓✓✓✓✓✓
Cy1.all✓✓✓✓✓✓✓✓✓
Cy9.all✓✓✓✓✓✓✓✓✓
D1P2✓✓✓✓✓✓✓
DK1622✓✓✓✓✓
DSM15201✓✓✓
DSM2261✓✓✓✓✓
DSM2262✓✓✓✓✓✓✓✓✓
DSM22710✓✓✓
DSM24000✓✓✓✓
DSM436✓✓✓
DSM52655✓✓✓✓✓✓✓✓✓
DSM53668✓✓✓
DSM71✓✓✓✓
DW43-1✓✓✓✓✓✓✓
DZF1✓✓✓✓✓
EGB✓✓✓✓✓
GCF_015354265.1_ASM1535426v1_genomic✓✓✓✓✓
GDMCC13124✓✓✓✓✓✓
H1.all✓✓✓✓✓✓✓
H316✓✓✓✓✓✓
HKSTASMYXO24
HyVt463
JCM15136✓✓
KYC3313✓✓✓✓
M27✓✓✓✓✓
NCWAL01✓✓✓✓✓✓✓✓
NannocystineaeF01✓✓✓
NannocystineaeH01✓✓✓
NannocystineaeSLJ✓✓✓
P2✓✓✓✓✓
Pajaroellobacter_abortibovis✓✓✓
Pendulispora_albinea✓✓✓✓✓
Pendulispora_brunnea✓✓✓✓
Pendulispora_rubella✓✓✓✓
S1.all✓✓✓✓✓✓✓
SDU13✓✓✓✓✓
SIR1✓✓✓
SMAGU10438✓✓
SMAGU10751✓
SMAGU11958✓✓✓✓✓
SMAGU12973✓✓✓
SMAGU13373✓
SMAGU13654✓
SMAGU13669✓✓✓
SMAGU4926✓✓✓
SRP1506987✓✓✓
SWB005✓✓✓
SZUA566✓✓✓✓
So0003192✓✓✓
Soce10✓✓✓✓✓
Sora83✓✓
TGSMYX3✓✓
V1✓✓✓✓✓
WMMC2535✓✓✓
clean138✓✓
cluster1bin384✓✓✓

数据与记录

本页配套文件:latest_ml_verified_platform_data.json、 final_89strains_capacity_summary.csv、 final_module_prevalence_summary.csv、 WORK_RECORD_2026-08-08_ML_verified_platform.md。

注:该页面汇总的是9个共线性模块的最终平台能力,不等同于旧版15种单糖底物规则页面;旧版 Step1/2/3 酶规则仍作为上游注释来源保留。